İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler bölümünden Onur Öğrencisi olarak 2022 senesinde mezun olan Murat Emre Eygün, aynı sene içerisinde Milli Savunma Üniversitesi Atatürk Stratejik Araştırmalar ve Lisansüstü Eğitim Enstitüsü bünyesinde Strateji ve Güvenlik Araştırmaları Ana Bilim Dalı'nda yüksek lisans eğitimine başlamıştır. Yüksek lisans eğitimi sürecinde başta ABD Rusya, Çin ve Avrupa Birliği olmak üzere çalışmalar yapan Eygün, Gürcistan'dan Türkmenistan'a ve dahi Balkanlardan Baltık ülkelerine kadar çeşitli coğrafyaların güvenlik, savunma ve nükleer politikaları üzerine de çeşitli çalışmalar ve sunumlar yapmıştır. Eygün ayrıca "Hibrit Tehditler Kapsamında Türkiye’nin Kritik Altyapı Güvenliği: Petrol ve Doğalgaz Boru Hatları" isimli bir makale yazmış ve söz konusu makale "Uluslararası İlişkiler ve Politika Dergisi (ULIPOD)" Ocak 2024 sayısında yayımlanmıştır.